土地增值稅須分別核算，免稅條款適用仍有爭(zhēng)議（土地增值稅）
一、案例簡(jiǎn)介
（一）基本案情
2009年7月5日，新聯(lián)公司對(duì)巴楚新聯(lián)“未來(lái)城”一期1-4號(hào)商住樓進(jìn)行開工建設(shè)，2009年12月30日竣工。2010年3月15日，新聯(lián)公司對(duì)巴楚新聯(lián)“未來(lái)城”一期5-6號(hào)商住樓進(jìn)行開工建設(shè)，2010年11月15日竣工。2013年11月23日，克州鑫稅務(wù)師事務(wù)所有限責(zé)任公司接受委托，對(duì)新聯(lián)公司開發(fā)的“新聯(lián)未來(lái)城一期1-6號(hào)商住樓”項(xiàng)目截止2013年5月31日土地增值稅清算稅款申報(bào)進(jìn)行鑒證審核。同日，新聯(lián)公司向巴楚縣稅務(wù)局進(jìn)行土地增值稅清算申報(bào)。新聯(lián)公司申報(bào)了“新聯(lián)未來(lái)城一期1-6號(hào)商住樓”項(xiàng)目土地增值稅：1-4號(hào)商住樓增值率為-16.92%，其中普通住宅增值率0.00%，其他項(xiàng)目增值率-16.92%，應(yīng)繳土地增值稅稅額0.00元，已繳土地增值稅稅額470105.92元，應(yīng)退土地增值稅稅額470105.92元；5-6號(hào)商住樓增值率為-7.74%，其中普通住宅增值率0.00%，其他項(xiàng)目增值率-7.74%，應(yīng)繳土地增值稅稅額0.00元，已繳土地增值稅額634062.34元，應(yīng)退土地增值稅稅額634062.34元，一期應(yīng)退土地增值稅稅額共計(jì)1104168.26元。2013年11月24日，巴楚縣稅務(wù)局作出準(zhǔn)予退還已預(yù)繳的土地增值稅1104168.26元，且于2014年6月19日將該筆款項(xiàng)退還給新聯(lián)公司。
2015年10月9日，巴楚縣稅務(wù)局案件檢查發(fā)現(xiàn)，“我局第一稅務(wù)所在2015年10月的日常征管工作自查中，對(duì)前期退稅資料進(jìn)行復(fù)查，發(fā)現(xiàn)巴楚縣新聯(lián)房地產(chǎn)開發(fā)有限責(zé)任公司2014年6月辦理土地增值稅退稅1104168.26元，未按照稅收法律、法規(guī)的規(guī)定對(duì)涉及不同類型的房地產(chǎn)項(xiàng)目分別計(jì)算增值額、增值率、繳納土地增值稅，屬于計(jì)稅依據(jù)和政策適用錯(cuò)誤，責(zé)令第一稅務(wù)所追回已退還的土地增值稅，并按照稅收法律、法規(guī)的規(guī)定重新審核該項(xiàng)目土地增值稅清算資料?！?016年3月7日，巴楚縣稅務(wù)局對(duì)“新聯(lián)未來(lái)城一期”土地增值稅清算審核報(bào)告指出：“1、普通標(biāo)準(zhǔn)住宅清算審核后增值額為-13783747.40元，增值率為0，應(yīng)繳納土地增值稅0元，已預(yù)征0元，應(yīng)退土地增值稅0元；2.非普通住宅清算審核后增值額為-308946.71元，增值率為0，應(yīng)繳納土地增值稅0元，已預(yù)征0元，應(yīng)退土地增值稅0元；3.非住宅清算審核后增值額為8255836.49元，增值率為34%，應(yīng)繳納土地增值稅2476750.95元，已預(yù)征0元，應(yīng)補(bǔ)土地增值稅2476750.95元?！?016年3月15日，巴楚縣稅務(wù)局作出巴地稅通20163號(hào)《稅務(wù)事項(xiàng)通知書》對(duì)新聯(lián)公司開發(fā)的“新聯(lián)未來(lái)城一期項(xiàng)目”土地增值稅清算申報(bào)重新審核，認(rèn)定企業(yè)應(yīng)補(bǔ)征土地增值稅2476750.95元。
新聯(lián)公司對(duì)該決定不服，于2017年4月11日申請(qǐng)復(fù)議，同年4月14日，喀什地區(qū)地方稅務(wù)局作出行政復(fù)議不予受理決定。新聯(lián)公司不服，訴至法院，要求撤銷巴楚縣稅務(wù)局于2016年3月15日作出的巴地稅通【2016】3號(hào)《稅務(wù)事項(xiàng)通知書》。
（二）各方觀點(diǎn)
新聯(lián)公司認(rèn)為，稅務(wù)機(jī)關(guān)在清算土地增值稅前，首先應(yīng)當(dāng)確立清算單位，清算單位是否合法，是稅務(wù)機(jī)關(guān)征收土地增值稅行政行為是否合法的重要前提。但是根據(jù)各項(xiàng)法律法規(guī)規(guī)定，土地增值稅的最小清算單位為“幢”，而巴楚縣稅務(wù)局卻違背規(guī)定，將土地增值稅的清算單位進(jìn)一步進(jìn)行細(xì)分，進(jìn)而導(dǎo)致其土地增值稅計(jì)算錯(cuò)誤，其行政行為明顯違法。
一、二審法院均認(rèn)為巴楚縣稅務(wù)局行政行為合法有效，駁回了新聯(lián)公司的訴請(qǐng)。
二、爭(zhēng)議焦點(diǎn)
本案爭(zhēng)議焦點(diǎn)主要包括1、土地增值稅的清算單位如何確定；2、土地增值稅免稅待遇是否可以放棄。
三、稅點(diǎn)評(píng)
（一）稅局按開發(fā)項(xiàng)目類別分別計(jì)算土增稅不受清算單位影響
法律依據(jù) 土地增值稅清算單位的相關(guān)內(nèi)容
《中人民共和國(guó)土地增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》（財(cái)法字19956號(hào)） 第八條 土地增值稅以納稅人房地產(chǎn)成本核算的最基本的核算項(xiàng)目或核算對(duì)象為單位計(jì)算。
《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財(cái)稅字199548號(hào)） 十三、 關(guān)于既建普通標(biāo)準(zhǔn)住宅又搞其他類型房地產(chǎn)開發(fā)的如何計(jì)稅的問題 對(duì)納稅人既建普通標(biāo)準(zhǔn)住宅又搞其他房地產(chǎn)開發(fā)的，應(yīng)分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準(zhǔn)確核算增值額的，其建造的普通標(biāo)準(zhǔn)住宅不能適用條例 第八條（一）項(xiàng)的免稅規(guī)定。
《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財(cái)稅200621號(hào)） 三、 關(guān)于土地增值稅的預(yù)征和清算問題
各地要進(jìn)一步完善土地增值稅預(yù)征辦法，根據(jù)本地區(qū)房地產(chǎn)業(yè)增值水平和市場(chǎng)發(fā)展情況，區(qū)別普通住房、非普通住房和商用房等不同類型，科學(xué)合理地確定預(yù)征率，并適時(shí)調(diào)整。工程項(xiàng)目竣工結(jié)算后，應(yīng)及時(shí)進(jìn)行清算，多退少補(bǔ)。
《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國(guó)稅發(fā)2006187號(hào)） 一、 土地增值稅的清算單位
土地增值稅以國(guó)家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算，對(duì)于分期開發(fā)的項(xiàng)目，以分期項(xiàng)目為單位清算。
開發(fā)項(xiàng)目中同時(shí)包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計(jì)算增值額。
國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《土地增值稅清算管理規(guī)程》的通知（國(guó)稅發(fā)200991號(hào)） 第六條 主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)加強(qiáng)房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的日常稅收管理，實(shí)施項(xiàng)目管理。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)從納稅人取得土地使用權(quán)開始，按項(xiàng)目分別建立檔案、設(shè)置臺(tái)帳，對(duì)納稅人項(xiàng)目立項(xiàng)、規(guī)劃設(shè)計(jì)、施工、預(yù)售、竣工驗(yàn)收、工程結(jié)算、項(xiàng)目清盤等房地產(chǎn)開發(fā)全過程情況實(shí)行跟蹤監(jiān)控，做到稅務(wù)管理與納稅人項(xiàng)目開發(fā)同步。
第七條 主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)納稅人項(xiàng)目開發(fā)期間的會(huì)計(jì)核算工作應(yīng)當(dāng)積極關(guān)注，對(duì)納稅人分期開發(fā)項(xiàng)目或者同時(shí)開發(fā)多個(gè)項(xiàng)目的，應(yīng)督促納稅人根據(jù)清算要求按不同期間和不同項(xiàng)目合理歸集有關(guān)收入、成本、費(fèi)用。
上述規(guī)定可以看出，土地增值稅最小計(jì)算單位為一個(gè)幢號(hào)，但并不影響對(duì)一個(gè)幢號(hào)中不同類型的房屋分別計(jì)算增值額，征收土地增值稅?，F(xiàn)實(shí)中大量存在開發(fā)商開發(fā)的房地產(chǎn)項(xiàng)目?jī)H為一幢樓的情況。上述法律規(guī)定就是針對(duì)“開發(fā)項(xiàng)目中同時(shí)包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計(jì)算增值額”，“對(duì)納稅人既建普通標(biāo)準(zhǔn)住宅又搞其他房地產(chǎn)開發(fā)的，應(yīng)分別核算增值額”做出的。新聯(lián)公司開發(fā)的“新聯(lián)未來(lái)城一期”項(xiàng)目，符合上述法律規(guī)定的情形，故巴楚縣稅務(wù)局在清算新聯(lián)公司“新聯(lián)未來(lái)城一期”項(xiàng)目土地增值稅時(shí)，對(duì)項(xiàng)目中不同類型的房屋分別核算增值額，征收土地增值稅的做法符合上述法律規(guī)定。
（二）土地增值稅必須區(qū)分住宅非住宅進(jìn)行核算，免稅待遇并非授權(quán)條款
依據(jù)《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財(cái)稅字199548號(hào)）第十三條：對(duì)納稅人既建普通標(biāo)準(zhǔn)住宅又搞其他房地產(chǎn)開發(fā)的，應(yīng)分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準(zhǔn)確核算增值額的，其建造的普通標(biāo)準(zhǔn)住宅不能適用條例第八條（一）項(xiàng)的免稅規(guī)定的規(guī)定。對(duì)于該規(guī)定是否為授權(quán)性規(guī)定，實(shí)務(wù)中存在爭(zhēng)議。
本案中，法院認(rèn)為：分別核算增值額的目的，就是為了分別計(jì)算土地增值稅，通過分別核算增值額達(dá)到分別計(jì)算土地增值稅，進(jìn)而起到稅收杠桿調(diào)節(jié)的作用，達(dá)到引導(dǎo)房地產(chǎn)經(jīng)營(yíng)方向，規(guī)范房地產(chǎn)市場(chǎng)的交易秩序，合理調(diào)節(jié)土地增值收益分配，促進(jìn)房地產(chǎn)開發(fā)的健康發(fā)展的目的。財(cái)稅字199548號(hào)第十三條的規(guī)定，并沒有賦予新聯(lián)公司在分別核算增值額和分別計(jì)算土地增值稅方面具有選擇權(quán)，而是進(jìn)一步對(duì)應(yīng)該分別計(jì)算，沒有分別核算的納稅人，普通標(biāo)準(zhǔn)住宅不得享受免稅的規(guī)定，是一種懲罰性條款，而非選擇性條款。
為核實(shí)司法機(jī)關(guān)的觀點(diǎn)，筆者又核查了裁判文書網(wǎng)中其他類似案例，發(fā)現(xiàn)近年的裁判口徑均與本案一致，即認(rèn)為：土地增值稅必須區(qū)分住宅非住宅進(jìn)行核算，免稅待遇并非授權(quán)條款。
值得關(guān)注的是海南省關(guān)于土地增值稅清算的地方性規(guī)定的變化：
法律依據(jù) 相關(guān)內(nèi)容
《關(guān)于土地增值稅有關(guān)問題的通知》（瓊地稅發(fā)2009104號(hào)） 第五條廢止《海南省地方稅務(wù)局關(guān)于明確商住綜合樓土地增值稅清算問題的通知》（瓊地稅函2008305號(hào)），即取消了納稅人”自行決定”分開清算還是合并清算的選擇權(quán)。
《海南省地方稅務(wù)局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（瓊地稅發(fā)2009187號(hào)） 第二條：對(duì)同一清算單位的房地產(chǎn)項(xiàng)目中同時(shí)包含普通住房和非普通住房的，應(yīng)該分別計(jì)算普通住房和非普通住房的增值額、增值率，征收土地增值稅。納稅人在申報(bào)土地增值稅清算時(shí)，未分別計(jì)算普通住房和非普通住房增值額、增值率的，稅務(wù)機(jī)關(guān)審核時(shí)，應(yīng)分別計(jì)算普通住房和非普通住房增值額、增值率，征收土地增值稅。普通住房的增值額未超過扣除項(xiàng)目金額百分之二十的，免征土地增值稅。
以海南省的規(guī)定為例，從中可以得出結(jié)論稅務(wù)機(jī)關(guān)與司法機(jī)關(guān)對(duì)于土地增值稅的分住宅和非住宅分別核算確實(shí)是作為強(qiáng)制性的條款來(lái)施行的。
（三）新趨勢(shì)：免稅待遇或?qū)⒆鳛槭跈?quán)性條款適用